معایب سوزاندن بقایای گیاهی باعث آلودگی هوا، افزایش میزان گرد و غبار و بیماری های تنفسی در انسان‌ها می‌شود.
آتش زدن بقایا باعث گرم شدن هوا و افزایش گازهای گلخانه ای می شود.
با این عمل محیط زیست تخریب شده و توازن بین محیط زیست و اکوسیستم از بین می رود و هم چنین برخی از گونه های جانوری و گیاهی مفید از بین می‌رود.
خاک سخت شده و سله می‌بندد. سله بستن روی خاک مانع از جوانه زنی درست بذور و استقرار مطلوب بوته‌ها در خاک می‌شود. همچنین به دلیل سفتی خاک ریشه نمی‌تواند به خوبی گسترش یابد.
در اثر آتش زدن بقایا فشردگی خاک افزایش می یابد و باعث کاهش مواد آلی و رطوبت در دسترس گیاه می شود.
میکروارگانیسم های مفید خاک با گرمای حاصل از سوزاندن بقایای گیاهی از بین می‌روند.
با سوختن کاه و کلش و بقایای گیاهان سطح خاک لخت شده و در معرض فرسایش قرار می‌گیرد.
کاهش جذب عناصر غذایی موجود در خاک توسط ریشهکاهش ظرفیت نگه داری آب در خاک و کاهش نفوذ پذیری خاکعدم علوفه برای دام‌های منطقه.
