منیزیم تنها عنصر فلزی موجود در کلروفیل می‌باشد و به عنوان هسته مرکزی سازنده #کلروفیل معرفی می‌شود.بنابراین منیزیم به طور غیر مستقیم در متابولیسم و #فتوسنتز درختان میوه نقش دارد.
منیزیم همچنین در فعالیت #آنزیم ها در گیاهان نقش داشته و حامل‌های فسفری را که در جذب سایر عناصر موثر می‌باشند فعال می‌کند. منیزیم با شرکت در چرخه #اسید #سیتریک به عنوان یک چرخه #متابولیسمی در گیاه، در تنفس گیاهان دخالت دارد. منیزیم در درختانی که تولید #روغن می‌کنند مانند زیتون، نقش مثبتی در افزایش روغن تولیدی دارد، این موضوع در مورد گردو و بادام نیز صادق است.
این عنصر در #سنتز #پروتئین در گیاهان نیز دخالت دارد. در درختان میوه هسته دار مانند هلو، گوجه سبز و همچنین در مرکبات منیزیم در ساخت هسته و تخم نقش فعالی دارد.
رفتار منیزیم در خاک کاملا شبیه کلسیم است و فرق آن در مقدارش است که کمتر از کلسیم در خاک وجود دارد. جذب آن توسط درختان میوه به صورت Mg++ است و جذب آن مانند کلسیم بستگی به ظرفیت تبادلی خاک، درجه اشباع آن، نوع خاک، رس محل و سایر عناصر همراه دارد. گاهی تاثیر منیزیم در pH بیشتر از کلسیم است و باعث افزایش آن تا بیش از 8/5 می شود، که در این حالت برای درختان میوه احتمال #مسمومیت این عنصر وجود دارد.
منیزیم نیز مانند کلسیم اثرات رقابتی با سایر عناصر نظیر پتاسیم و ازت دارد. اثرات منفی پتاسیم در جذب منیزیم بوسیله درختان میوه بسیار حائز اهمیت است و در باغ هایی که کوددهی سنگین پتاسیم به همراه پتاسیم زیاد خاک وجود داشته باشد کمبود منیزیم در درختان مشاهده می شود. اثرات رقابتی منیزیم با مس نیز قابل اشاره است.
وقتی منیزیم در خاک افزایش می‌یابد جذب مس را با اختلال روبه رو می‌سازد. از این اثر می‌توان در هنگام مسمومیت باغ در اثر فراوانی مس استفاده کرد تا اثر مسمومیت را کاهش داده و همچنین عکس این عمل.کمبود منیزیم در باغ‌های دارای خاک شنی شایع‌تر است. همچنین‌در‌خاک‌های‌آهکی(Calcareos) به خاطر اثر#آنتاگونیستی با کلسیم کمبود بیشتر دیده می‌شود.زیادی پتاسیم خاک، باعث محدودیت در جذب منیزیم توسط ریشه‌ها می‌شود. محققین در کالیفرنیا یکی از دلایل افزایش روزافزون کمبود منیزیم در باغات مرکبات را، مصرف زیاد آب در آبیاری و در نتیجه شسته شدن #منیزیم به طرف پایین خاک می‌دانند.
